Hoewel de Canon EOS R50 veel te bieden heeft, zijn er ook enkele aandachtspunten. Ten eerste ontbreekt een geavanceerde beeldstabilisatie in de body; dit betekent dat je afhankelijk bent van eventueel ingebouwde lensstabilisatie of statieven, wat vooral merkbaar is bij video-opnames of bij gebruik van langere sluitertijden. Dit kan een beperking zijn voor contentcreators die veel handheld filmen of in situaties met weinig licht werken.
Ook is het opnamevermogen in 4K video beperkt tot 30 frames per seconde, zonder de mogelijkheid voor hogere framerates zoals 60 fps in 4K, wat bij sommige concurrerende systemen wel aanwezig is. Dit kan voor bepaalde videoprojecten, zoals vloeiende slowmotionbeelden in hoge resolutie, een gemiste kans zijn.
Daarnaast is het aantal fysieke knoppen en instelmogelijkheden bewust beperkt gehouden, waardoor gevorderde fotografen wellicht sommige handmatige controle missen, vooral vergeleken met duurdere modellen uit de EOS R-serie. Hoewel het gebruiksgemak voor beginners een pluspunt is, kan dit voelen als een beperking als je snel tussen instellingen wilt schakelen tijdens een fotoshoot.
Tot slot is de batterijduur redelijk, maar minder dan sommige concurrenten. Bij intensief gebruik kan het nodig zijn om extra batterijen mee te nemen, vooral bij lange vlogsessies of fotoshoots buitenshuis zonder directe oplaadmogelijkheden.