Ondanks zijn vele kwaliteiten heeft de Nikon Z50II ook enkele beperkingen. Allereerst is de behuizing grotendeels van kunststof en dat voelt, hoewel licht en handzaam, minder robuust aan dan sommige concurrenten in dit segment. Voor mensen die wat zwaardere of intensievere buitenactiviteiten doen, kan dit een nadeel zijn. Verder is het zo dat het gebrek aan 5-assige beeldstabilisatie in de camera zelf betekent dat je vooral afhankelijk bent van lensstabilisatie, waardoor bij bepaalde lenzen en vooral bij langere brandpuntsafstanden nog steeds bewegingsonscherpte kan optreden.
De autofocus, hoewel snel en accuraat bij de meeste situaties, kan soms moeite hebben bij extreem snel bewegende onderwerpen of bij situaties met weinig contrast. Voor professionele sportfotografie blijft dit model daarom minder geschikt. De accu capaciteit is ook iets om in de gaten te houden; bij intensief gebruik, zoals bij video of veel continu-opnamen, kan het nodig zijn om een reserve accu mee te nemen.
Tot slot is het zo dat de 4K-video modus beperkt is tot 30fps en niet tot hogere framerates zoals 60fps, tenzij je terugvalt naar Full HD, wat voor sommige videomakers beperkend kan zijn. De kitlenzen zijn zeer veelzijdig, maar hebben een bescheiden lichtsterkte (f/3.5-6.3), waardoor je in zeer donkere omstandigheden afhankelijk bent van hogere ISO-waarden, wat ten koste gaat van de beeldkwaliteit.