Hoewel de Sony A6100 veel te bieden heeft, zijn er ook enkele punten waar hij minder goed in scoort. Een van de meest genoemde nadelen is de batterijduur. De NP-FW50 batterij heeft een beperkte capaciteit, waardoor de camera bij intensief gebruik, zoals video-opnames of continue autofocus, snel leeg kan raken. Dit betekent dat je voor langere sessies extra batterijen moet meenemen, wat minder ideaal is voor lange dagtochten of reizen.
Daarnaast is de body van de A6100 vrij compact en lichtgewicht, wat positief is voor draagbaarheid, maar ook betekent dat de grip voor mensen met grotere handen soms wat klein en minder comfortabel aanvoelt. Hierdoor kan het vasthouden bij langdurig fotograferen vermoeiend zijn.
De 16-50mm kitlens, hoewel handig in compacte vorm, kent beperkingen op het gebied van diafragma en beeldkwaliteit. Bij weinig licht presteert deze lens minder goed, met meer ruis en minder scherpte aan de randen dan duurdere lenzen. De meegeleverde 55-210mm telezoom is ondanks het telebereik ook beperkt in lichtsterkte en kan bij bepaalde omstandigheden wat minder snel reageren qua autofocus.
Ten slotte mist de camera de ingebouwde beeldstabilisatie in de body zelf, waardoor je afhankelijk bent van lensstabilisatie. Bij het wisselen naar lenzen zonder beeldstabilisatie kan dit resulteren in minder stabiele beelden, vooral bij langere sluitertijden of telefoto-opnamen.